Los científicos y ambientalistas no piden que se pare la construcción del Tren sino que se les escuche para planear de manera conjunta la ruta por donde se cause un menor impacto al medio ambiente.
En diversas ocasiones, organizaciones ambientales, pueblos indígenas, activistas y especialistas han denunciado las amenazas que representa el Tren Maya para los ecosistemas y el sistema de ríos subterráneos en la Península de Yucatán.
